Tips Teknis Linus Dilipat di Rumah - Maxwell I. Zimmerman, Justin R. Porter, Michael D. Ward, Sukrit Singh, Neha Bitani, Arthur Meller, Upasana L. Malimadugula, Catherine E. Lee Kuhn, Jonathan H. Borowski, ORCID Rafael - Profil P Viejo, Matthew FD Hurley. , Aoife M Harbison, Carl A Fogarty, Joseph E. Coffland, Elisa Fada, Vincent A. Volz, Lihat Profil ORCID John D. Chodera, Gregory R. Bowman
1 Departemen Biokimia dan Biofisika Molekuler, Fakultas Kedokteran Universitas Washington, St. Louis. Louis, Missouri 63110, Amerika Serikat 2 Center for Life Systems Science and Engineering (CSELS), St. Louis, St. Lewis, Missouri 63130, AS
Kiat teknis Linus untuk melipat di rumah
3 Program Doktor Tri-Institut dalam Biologi Kimia, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY 10065, USA 4 Program dalam Biologi Komputasi dan Sistem, Sloan Kettering Institute, New York, NY 10065, USA
Kami adalah Linus Tech Tips, saluran YouTube dengan 20 karyawan
SARS-CoV-2 memiliki mekanisme infeksi awal yang kompleks, penghindaran/penekanan kekebalan, dan replikasi yang bergantung pada struktur dan kekuatan protein pengikatnya. Banyak struktur protein telah dipecahkan, tetapi sedikit yang diketahui tentang perubahan konformasi terkait. Untuk mengatasi tantangan ini, lebih dari satu juta citizen scientist telah bekerja sama dalam proyek komputasi terdistribusi Folding@home untuk membangun komputer skala pertama dan membuat protein virus 0,1 detik yang belum pernah ada sebelumnya. Presentasi kami memberikan rangkaian wawasan ke dalam kompleks Apo-spike yang melampaui apa yang diamati secara eksperimental, mendefinisikan dan memprediksi dengan baik keberadaan epitop "tersembunyi". Homolog ragi yang berbeda mengatur kompleks terbuka dan tertutup dengan mengatur pengikatan reseptor dan pensinyalan penghambatan. Kami mengamati perubahan signifikan pada proteom, mengungkap lebih dari 50 kantong "rahasia" yang membuka peluang untuk penargetan dalam pengembangan vaksin. Semua data dan model online menyediakan atlas statistik.
Sindrom pernafasan akut yang parah coronavirus 2 (SARS-CoV-2) adalah coronavirus baru yang mengancam kesehatan manusia global dan stabilitas ekonomi global.
Dengan tingkat kematian awal 2019 (Covid-19) ~3-4% dan tingkat kematian ~0,1-12% (variasi temporal tinggi), SARS-CoV-2/COV-19 telah menyebar dengan cepat dan sekarang: . Masyarakat mengancam bahwa dia melempar
Pada tahun 2020, ada lebih dari 29 juta kasus yang dikonfirmasi dan lebih dari 925.000 kematian di seluruh dunia. Jarak sosial dan isolasi secara signifikan mengurangi tingkat infeksi. Tetapi mereka menyebabkan masalah sosial-ekonomi yang serius. Secara umum, sangat penting untuk segera mencari pertolongan medis.
Kartu penambangan Nvidia Cmp 170hx dengan GPU Ga100 memiliki heatsink yang besar
Memahami struktur protein SARS-CoV-2 dapat mempercepat penemuan pengobatan baru dengan meningkatkan desain rasional.
Untuk mencapai hal ini, komunitas teknik telah berusaha untuk merekayasa protein SARS-CoV-2 dengan cepat ke dalam konstituennya. Namun, diketahui bahwa fungsi protein bergantung pada keseluruhan evolusi yang dapat terjadi; Kebanyakan dari mereka disembunyikan dengan metode eksperimental. Pemetaan protein SARS-CoV-2 ini akan memberikan gambaran yang lebih jelas tentang bagaimana virus dapat melakukan berbagai fungsi, seperti menginfeksi sel, menghindari sistem kekebalan, dan bereplikasi. Peta tersebut dapat memberikan peluang terapeutik baru, seperti kantong "rahasia" yang tidak terlihat dalam pencitraan eksperimental, tetapi juga target baru untuk penemuan obat.
Simulasi dinamika molekul dapat menangkap keseluruhan konformasi yang diadopsi oleh protein, tetapi membutuhkan sumber daya komputasi yang kompleks. Simulasi ini melibatkan representasi semua atom dalam bidang kinetik protein. Data modern biasanya terdiri dari beberapa simulasi mikrodetik untuk setiap protein, dengan beberapa contoh penting dalam skala waktu milidetik.
Namun, banyak proses penting terjadi dalam waktu singkat. Selain itu, urutan panjang yang relevan secara biologis memerlukan tingkat komputasi yang belum pernah terjadi sebelumnya untuk memodelkan protein terkait SARS-CoV-2.
Database dan alat Ppd Folding@home Gpu/cpu Real-time
Untuk mengatasi tantangan ini, lebih dari satu juta ilmuwan di seluruh dunia telah menginvestasikan sumber daya komputasi mereka untuk mensimulasikan protein SARS-CoV-2. Jumlah yang sangat besar ini menciptakan platform yang meluncurkan distribusi folding@home, yang memecahkan penghalang matematis exe dan sekarang menjadi komputer terbesar di dunia. Dengan menggunakan sumber daya ini, kami secara kuantitatif memetakan lebih dari selusin protein dan senyawa yang terkait dengan SARS-CoV-2. Secara total, kami menghabiskan waktu simulasi 0,1 detik yang belum pernah terjadi sebelumnya. Data kami mengungkapkan mekanisme evolusi penting dari proses replikasi SARS-CoV-2 dan mengungkapkan beberapa peluang terapeutik baru. Data ini didukung oleh beberapa penelitian eksperimental dan tersedia untuk umum (https://covid.molssi.org/ dan https://osf.io/fs2yv/) untuk memfasilitasi penemuan pengobatan baru. . . .
Folding@home (http://foldingathome.org) adalah komunitas ilmuwan warga, peneliti dan teknolog yang menggunakan sumber daya kolektif dan intelektual mereka untuk memahami peran dan fungsi protein dan untuk membuat protein baru. . dan penyembuhan. Proyek ini didirikan pada tahun 2000 dan bertujuan untuk memahami bagaimana protein terlipat.
Kemudian satu komputer membutuhkan waktu ribuan tahun untuk melipat protein kecil. Untuk mengatasi tantangan ini, peneliti dapat mengembangkan algoritme untuk memecahkan masalah yang tampaknya sulit ini menjadi simulasi yang lebih kecil yang dapat dijalankan sepenuhnya secara mandiri. Mereka kemudian mengadaptasi proyek Folding@home sehingga siapa pun yang memiliki komputer dan koneksi internet dapat secara sukarela membangun proyek simulasi kecil ini, yang disebut "proyek menit".
Selama bertahun-tahun, perangkat lunak Folding@Home telah berevolusi dan menyempurnakan algoritmenya untuk menangani banyak aspek modifikasi protein. Konsorsium Folding@Home mencakup delapan laboratorium dari seluruh dunia tentang kekebalan defisiensi protein dan kanker kulit (https://foldingathome.org/about/the-foldinghome-consortium/). Proyek mengembangkan serangkaian penilaian tentang topik ini melalui sistem penilaian.
Bagaimana cara melipat hanya dengan GPU?
Menanggapi pandemi Covid-19, Folding@home dengan cepat mengalihkan perhatiannya ke SARS-CoV-2 dan bagaimana ia berinteraksi dengan inangnya. Banyak yang mengambil kesempatan untuk menghadapi tantangan disabilitas. Dalam waktu kurang dari tiga bulan, proyek ini telah berkembang dari sekitar 30.000 perangkat aktif menjadi lebih dari satu juta perangkat di seluruh dunia (Gambar 1a dan 1b).
a) Kembangkan Folding@Home (F@H) sebagai respons terhadap Covid-19. Nomor karyawan ditunjukkan dengan warna biru dan Covid-19 dengan warna oranye. (b) Distribusi global pekerja rumah tangga lipat @. Setiap titik mewakili alamat IP unik yang berkontribusi pada Folding@home. c) 10 superkomputer tercepat berikutnya dalam indeks kecepatan Folding@home dan exaFLOPS.
Total daya komputasi Folding@home sulit dihitung karena berbagai perangkat keras, langkah-langkah untuk melindungi anonimitas sukarelawan, dan fakta bahwa sukarelawan dapat menghidupkan dan mematikan mesin mereka sesuka hati. Selain itu, mesin sukarelawan terhubung ke server Folding@Home di awal dan akhir sesi kerja dan dapat memakan waktu mulai dari 10 menit hingga beberapa hari untuk memproses perangkat dan protein sukarelawan. Oleh karena itu, kami memutuskan untuk mengevaluasi kinerja dengan menghitung jumlah GPU dan CPU yang terlibat dalam Folding@home dan daya komputasi penyimpanan setiap mesin selama tiga hari (lihat metode detail). Kami menyadari bahwa jendela waktu yang besar digunakan di situs kami untuk tujuan sejarah.
Berdasarkan hal di atas, kami memperkirakan bahwa kinerja maksimum Folding@home adalah 1,01 exaFLOPS. Acara tersebut didukung oleh 280.000 GPU dan 4,8 juta inti prosesor. Seperti yang disebutkan dalam metodologi, untuk optimis dengan klaim kami, kami berasumsi bahwa setiap GPU/CPU bekerja lebih buruk daripada kartu yang dirilis sebelum 2015. Sebagai referensi, 1 exaFLOPS memiliki total kinerja 5. Kami terutama melaporkan di Folding@home. Kinerja superkomputer tradisional tercepat di dunia yang disebut Summit (Gambar 1C). Dan itu mencakup lebih dari 100 superkomputer. Sebelum Folding@home, diperkirakan komputer berukuran XA pertama tidak akan online hingga akhir tahun 2021.
Bergabunglah dengan grup Microcenterofficial Folding@home: #257944 — Microcenter
Kompleks spike(S) adalah target vaksin penting yang mengalami perubahan signifikan sebagai bagian dari fungsinya.
Secara struktural, S terdiri dari tiga protein terkait, masing-masing berisi domain yang memisahkan segmen S1 dan S2. S berada di permukaan virus dan menunggu untuk berikatan dengan angiotensin-converting enzyme receptor 2 (ACE2) sel inang untuk memulai infeksi.
S. Efek virus menjadikannya target vaksin yang menarik. Namun, ia memiliki metode pencegahan yang sangat efektif. Pertama, Gcan banyak digunakan untuk mencari S, yang membantu menekan sistem kekebalan tubuh dengan menghilangkan antigen potensial.
Sk juga menggunakan strategi penyembunyian konformasi di mana ia mengadopsi konformasi tertutup (biasanya disebut konformasi bawah) yang mengubur domain pengikat reseptor (RBD) untuk menghindari regulasi penghambatan. Untuk berinteraksi dengan ACE2, Sk harus dapat membuka motif pengikatan RBD yang dilestarikan. Definisi lengkap celah S penting untuk memahami patogenesis dan akan memungkinkan penemuan pilihan pengobatan baru.
Bantu Gamingonlinux mengalahkan virus corona dengan bergabung bersama kami di Folding@home
Kami menggunakan algoritme perpindahan target kami dengan Folding@home untuk menangkap ruang S. Metode FAST mengulangi proses pemodelan dan menghasilkan peta yang disebut model keadaan Markov.
semarang di rumah, montessori di rumah, kamera di rumah, survei diberikan di rumah, kerja di rumah, semarang di hotel di rumah, kerja online di rumah, mengajar di rumah, pekerjaan rumah, hotel di rumah, permainan untuk dimainkan di rumah, yoga di rumah di rumah
0 komentar:
Posting Komentar